454焦磷酸测序筛选黄嘴白鹭微卫星标记及其跨物种扩增

摘要

为了更好地深入研究易危水鸟物种黄嘴白鹭(Egretta eulophotes)等鹭科鸟类的遗传结构、个体识别、亲缘关系等保护遗传学问题,本文利用新一代DNA序列分析技术—454焦磷酸测序筛选一批多态性较好的微卫星位点.通过该技术对黄嘴白鹭基因组进行随机测序,共产生260,942条序列,平均长度为374.5 bp.从中挑选出297条含有重复片段的序列,发现有74条序列具备合适的引物设计区域.设计引物并以黄嘴白鹭菜屿种群的32个个体为模板进行PCR扩增,扩增成功的位点再通过8％的聚丙烯凝胶电泳银染技术检测位点的多态性,最后成功筛选到23个有多态性的微卫星位点.这些位点的等位基因数目为2-9个,观测杂合度和期望杂合度分别为0.094-0.844和0.091-0.840.其中Ee10、Ee17和Ee23三个位点偏离了温迪哈伯格定律(P＜0.01),并且发现位点Ee10和Ee17有空等位基因的出现(空等位基因频率分别为0.211和0.297).再对这23个微卫星位点进行跨物种扩增,检测位点引物在另外7种鹭科鸟类(大白鹭、白鹭、夜鹭、苍鹭、岩鹭、池鹭和牛背鹭)中的通用性.通过PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳银染技术的检测,发现这些位点引物在鹭科鸟类中具有较高的通用性,尤其是在白鹭中,有87％的位点扩增成功,并且有17个位点表现出多态性.