基于DIA技术的转IGF-Ⅰ基因细毛羊皮肤组织蛋白组学分析

摘要

转胰岛素样生长因子-Ⅰ(insulin-like growth factor Ⅰ,IGF-Ⅰ)基因的中国美利奴细毛羊(Ovis aries)(以下简称转基因细毛羊),羊毛产量得到显著提高.为探明与羊毛产量相关的细毛羊皮肤蛋白的表达变化,本研究利用数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)蛋白组测序技术和生物信息学分析,对转基因细毛羊和野生型细毛羊的皮肤总蛋白进行分析,以期筛选获得与羊毛生长特性相关的特异性蛋白.首先应用DIA蛋白质组学和液相色谱串联质谱(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)方法对转IGF-Ⅰ基因细毛羊和野生型细毛羊皮肤组织进行蛋白质组测序,对测序数据进行归一化处理、差异表达蛋白分析、基因本体(Gene Ontology,GO)和KEGG富集分析以及候选蛋白质筛选.结果表明,共计筛选获得2 914个蛋白,差异表达蛋白930个,其中374个上调表达、556个下调表达,与羊毛性状相关的差异表达蛋白有18个;GO分析表明,生物学过程、分子功能、细胞组成相关的注释分别有24、14和18个;KEGG通路分析显示,差异表达蛋白涉及42条信号通路,其中丝氨酸/苏氨酸激酶、分泌型糖蛋白、促性腺激素释放激素、肿瘤抑制蛋白、转化生长因子β等8条信号通路可能与羊毛生长发育存在相关性.本研究对揭示差异表达蛋白与羊毛性状的关系有促进作用,为探明羊毛性状的分子调控机理及分子标记育种提供参考依据.