大白菜表达序列标签SSR标记分析

摘要

对大白菜(Brassicacampestris L.ssp pekinensis)13007个EST序列进行拼接共得到7 714个片段重叠群(contig),其中10.4%(890个)非冗余EST含有SSR标记(EST-SSR),标记间平均间隔距离为3.9 kb,单、双和三核苷酸重复序列大约各占1/3左右.CDS所包含的三核苷酸重复序列最多,而且AAG/CTT重复序列的含量最高.通过同源性比较分析,获得功能已知的SSR-ESTs 774个,共计含有846个SSR,其中50.2%位于5'-UTR,31.4%位于3'-UTR,18.4%位于CDS.实验选取123个SSR座位设计引物,利用芜菁花叶病毒(Turnip mosaic girus,TuMV)的高抗和高感大白菜F6代自交系材料各2份,分析EST-SSR标记多态性.结果表明,其中37个标记可进行有效扩增,但是没有表现出多态性,23个标记(18.7%)至少在1份材料中具有多态性.对这些EST-SSR标记在大白菜和其它芸薹属植物的系统发育关系分析、遗传作图和基因定位的应用进行了讨论.