根癌农杆菌Ti和AT质粒基因组中的分泌型信号肽分析

摘要

利用Signal P3.0和PrediSi软件结合L值和TMHMM筛选,对根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)C58 Cereon菌株的Ti和AT质粒所编码的745个ORF编码蛋白中的信号肽进行了预测,发现35条为分泌型蛋白,其中6条属于RR-motif型信号肽,2条蛋白的信号肽为细菌素-信息素型信号肽,新注释了24条分泌型信号肽,其中1条来自Ti质粒,23条来自AT质粒的蛋白.这些信号肽N结构域的长度变化为2～19aa,平均为6.8aa,H结构域的长度变化为8～34aa,平均为17.1aa.