河南大蒜韭葱黄条病毒的分子鉴定及其系统进化分析

摘要

2019年本研究对河南大蒜病害进行调查时发现当地大蒜病毒病发生比较普遍,为明确病原种类,我们对田间样品进行采集(累计采集疑似病样38份)并利用葱蒜类病毒引物对其进行了RT-PCR检测。结果发现,在用韭葱黄条病毒(Leek yellow stripe virus,LYSV)引物检测时,有33份样品中检测到1条大小为304 bp的目的条带,为了进一步确定检测到的病毒为LYSV,本研究对其外壳蛋白基因(CP)序列进行了克隆,结果发现其序列全长864 bp,编码1个由289个氨基酸组成的相对分子质量约32300的蛋白质。CP基因序列构建的系统进化树结果分析显示,其与LYSV其他分离物共同聚类到1个大分支,表明该病毒属于LYSV的1个分离物;同时序列分析结果也显示LYSV分为2支,本研究检测到的LYSV河南分离物与中国其他分离物共同聚类到1个分支,其中与中国厦门等地分离物同源性最高,而与之前检测到的河南分离物同源性相对较低。这些结果表明本研究在河南大蒜中检测到的病毒是韭葱黄条病毒,虽然之前在河南也有该病毒侵染大蒜的报道,但本研究检测到的分离物与之前报道的分离物之间差异比较大,暗示河南大蒜上可能出现了新的LYSV类型或株系,生产上应当重视。