不同鸡种BF1基因SNP和Indel比对分析

摘要

鸡BF1基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系.鸡BF1基因多态性及功能尚不清楚.本研究直接测定了25个鸡种BF1基因序列,并与从NCBI下载的红色原鸡BF1基因进行了比较,构建系统进化树进行分析.结果显示,在这25个鸡种中共检测到了171个单核苷酸多态性(SNP),其中外显子上发现了108个SNP.这些外显子中SNP位点编码氨基酸166个,其中有58个氨基酸发生变异,氨基酸序列同源性高于核苷酸.外显子4和外显子1的SNP数量最多,占46％以上,第5、第6、第7、第8外显子属于保守区域.核苷酸序列缺失主要发生在外显子1和内含子5上.25个鸡种根据地理位置和气候环境大致可被分为3大类.说明,BF1基因在核苷酸多态性水平上存在较高的变异性,为鸡抗病育种提供了基础.