绣球藤叶片转录组分析及SSR引物开发

摘要

转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有转录本的集合,转录组研究能够从整体水平上探讨基因功能及基因结构,揭示特定生物学过程的分子机制.利用Illumina测序平台对绣球藤叶片的转录组进行测序,共得到原始reads 92042086个;对其测序组装总共获得202340个unigene,长度分布于201～19415 bp之间,平均长度为642 bp;数据库中的序列同源性比较表明,95586个unigene与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性;绣球藤转录组中的unigene根据基因本体论(gene ontology,简称GO)功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类和38个亚类;将unigene与蛋白质直系同源数据库(cluster of orthologous groups,简称COG)数据库进行比对,根据其功能大致可分为26类;KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将unigene定位到5个代谢途径分支;KEGG通路分析显示,参与翻译的unigenes最多有550条,并得到10255个简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点,能为今后对铁线莲属植物资源的研究和有效利用奠定基础.