基于RNA-seq技术分析意大利蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的高表达基因

摘要

对意蜂幼虫肠道组织基因进行深度RNA测序,并对高表达基因进行GO注释和KEGG分析,旨在揭示意蜂幼虫免疫抗病机制.分别取3、4、5、6日龄意蜂幼虫中肠组织抽提RNA,合成cDNA.得到的总读段数都在26 715 638条以上,有效数据达到97％以上,且测序饱和度良好,说明测序所得数据真实可信.将测序有效数据和意蜂公布DNA数据库进行比对,发现意蜂幼虫肠道中有13 789个基因有不同程度表达.选取各样本FPKM排序最前且表达水平最高的100个基因进行GO注释,这里主要涉及细胞组分、分子功能和生物学进程功能分析.利用KEGG分析显示这100个高表达基因分布在能量代谢、翻译、组装和降解以及信号转导等多条通路上.初步分析相应共有基因和特有基因在相关通路上的作用,并对意蜂幼虫肠道受球囊菌胁迫后的相关免疫机制进行一定分析.