小麦属植物寒胁迫相关miRNA的生物信息学研究

摘要

miRNAs(microRNAs)是一类非编码的小分子RNA,在许多生物学过程中起重要调控作用.最近研究表明,miRNA也参与植物对寒胁迫的应答,使植物耐寒性增强.本研究用已知miRNA序列,基于序列相似性分别搜索小麦属中小麦和大麦寒胁迫及非寒胁迫来源的EST数据,根据碱基错配、二级结构、(A+U)含量、能量水平等标准,鉴定可能为miRNA前体的EST序列.结果表明,在小麦中总共获得199条可能为miRNA的EST,分别属于22个miRNA家族,其中9条来源于寒胁迫相关的EST,分别属于2个miRNA家族;在大麦中一共获得31条可能为miRNA的EST,这些序列均来自于非寒胁迫相关的EST,分别属于7个miRNA家族,而在寒胁迫来源的EST中没有鉴定出候选miRNA序列.