金冠8-18油桃叶绿体全基因组序列特征及其系统发育

摘要

以金冠8-18油桃为试材,利用Illumina NovaSeq 6000测定金冠8-18的DNA序列,采用SPAdes v3.10.1软件组装叶绿体基因组,以桃树叶绿体基因组(MZ673795.1)为参考序列,对金冠8-18叶绿体基因组序列特征及其系统发育地位进行研究。结果表明:金冠8-18叶绿体基因组长度为153754 bp,包括大单拷贝区(LSC,85923 bp),小单拷贝区(SSC,19100 bp)以及2个反向重复序列(IR,26381 bp),AT和GC总含量分别为63.23%、36.77%。共在金冠8-18叶绿体基因组中注释到133个基因,其中含编码基因(CDS)、转运RNA基因、核糖体RNA基因、假基因数分别为84、37、8、4个。按照功能分类将基因分成4类:光合作用相关基因共44个、自我复制相关基因共58个、其他基因共5个、未知功能基因6个,其中含1个和2个内含子的基因数分别为14、3个。共鉴定出251个SSR位点,包括158个单核苷酸重复位点,93个复合核苷酸重复位点。系统发育分析表明:金冠8-18与桃树(MH169125.1)的亲缘关系最近。本研究丰富了金冠8-18遗传资源信息,为油桃品种鉴定、遗传育种和系统发育研究提供了分子依据和理论支撑。