新型冠状病毒刺突糖蛋白D614G变异的时间变化和空间分布特征分析

摘要

目的 通过对新型冠状病毒公共数据库的序列进行分析,了解刺突糖蛋白(S蛋白)D614G变异时间变化和空间分布特征.方法 本研究纳入截止至2020年7月21日在国内外新型冠状病毒公共数据库(GenBank、EpiCoV、CNGBdb、Genome Warehouse和NMDC)公布的核酸序列,对各数据库获取的序列进行去重、序列过滤和比对等数据分析以确定纳入序列的S蛋白D614G变异情况,并对包含该变异的毒株进行时间变化和空间分布特征分析.结果 本研究经数据过滤后最终纳入分析的序列56 201条,其中来自中国的序列1060条(1.9％),其他国家来源的序列55 141条(98.1％),13 570条(24.1％)序列为野生型,42 631条(75.9％)序列发生D614G变异.D614G变异最早在四川(EpiCoV数据库:EPI_ISL_451345)和浙江(NMDC数据库:NMDC60013101-01)2020年1月24日采集样本并测序的毒株中被发现,该2株毒株均与来自武汉(2019年12月30日)的毒株参考序列(NC_045512)同源性最高,同源性均为99.9％以上.在纳入分析不同时间的序列中,D614G变异毒株的构成比呈明显上升趋势,自2020年2月份起至2020年6月份,D614G构成比均明显高于2019年12月份的数据,均P＜0.05,D614G变异构成比最多的国家为比利时(86.7％),其次为英国(79.0％)和美国(76.1％),构成比最少的国家为中国(20.2％).在来自中国毒株的序列中,D614G变异也呈上升趋势,自2020年3月份起至2020年6月份,D614G构成比均明显高于2019年12月份的数据,均P＜0.05.国内曾发现D614G变异毒株主要分布在广州(50.9％)、台湾(27.1％)和北京(10.8％).结论 新型冠状病毒S蛋白D614G变异毒株构成比呈现明显上升趋势,且主要存在于国外的毒株,应对其动态监测,进一步了解其流行病学特点.