基于大豆胞囊线虫病抗性候选基因的SNP位点遗传变异分析

摘要

以我国363份栽培和野生大豆资源为材料,对大豆胞囊线虫抗性候选基因(rhgl和Rhg4)的SNP位点(8个)进行遗传变异分析,以期阐明野生和栽培大豆间遗传多样性及连锁不平衡水平差异.结果表明,与野生大豆相比,代表我国栽培大豆总体资源多样性的微核心种质及其补充材料的连锁不平衡水平较高(R2值为0.216).在栽培大豆群体内,基因内和基因间分别有100%和16.6%的SNP位点对连锁不平衡显著,形成两个基因特异的连锁不平衡区间(Block).在所有供试材料中共检测到单倍型46个,野生大豆的单倍型数目(27)少于栽培大豆(31),但单倍型多样性(0.916)稍高于栽培大豆(0.816).单倍型大多数(67.4%)为群体所特有(31个),其中15个为野生大豆特有单倍型.野生大豆的两个主要优势单倍型(Hap_10和Hap_11)在栽培大豆中的发生频率也明显下降,推测野生大豆向栽培大豆进化过程中,一方面形成了新的单倍型,另一方面因为瓶颈效应部分单倍型的频率降低甚至消失.