基于DNA池测序法筛选奶牛高信息量SNP标记的可行性

摘要

首先选择139个牛SNP标记,利用DNA池测序法,根据测序峰图中不同碱基信号峰高的比值确定了92个SNP为高信息量标记(比值＞1/2);为了进一步验证筛选的准确性,对其中59个标记采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术检测了122头荷斯坦牛的基因型.结果显示,检出率高于85％的标记有56个,其平均最小等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)为0.41,最小值为0.27,最大值为0.5; MAF＞0.3的标记有54个,占96.4％(54/56).文章结果表明,采用DNA池测序法筛选高信息量SNP标记是可行和可信的.