大豆去乙酰化酶Sir2的生物信息学分析

摘要

为研究大豆细胞衰老机制,利用拟南芥、Phytozome、NCBI等数据库及ClustalX 2.0、MEGA 5.0、ExPASy、Smart、DomainDraw等软件对大豆中的Sir2基因进行定位,绘制系统进化树,并对其蛋白的理化特性、组织表达特异性及发挥作用的功能结构域进行预测和分析.结果表明:大豆SRT1和SRT2基因均含2个拷贝,SRT1基因分别位于18号和8号染色体,SR T2基因分别位于4号和6号染色体;SRT1与SRT2蛋白理化性质相近,均为稳定的碱性疏水性蛋白,不含信号肽,均含有Pfam:SIR2结构域,而位于18号染色体的SRT2蛋白含有2个Pfam:SIR2结构域,表明该蛋白的活性可能更高;SRT1仅在胚中表达,而SRT2不仅在胚中表达,还表达于花、下胚轴、叶、根和茎中,表明SRT2在大豆体内的表达更广泛;系统进化树显示,大豆SRT1和SRT2蛋白与菜豆亲缘关系最近,而在双子叶植物中与番茄关系最远.