8个番石榴品种的转录组测序

摘要

【目的】获得番石榴转录本数据,探讨不同番石榴品种转录本之间差异。【方法】研究通过Illumina HiSeq 2500平台对红心(HX)、彩虹(CH)、紫红(ZH)、水晶(SJ)、秀珍(XZ)、彩叶变(CYB)、彩叶(CY)和紫星(ZX)等8个番石榴品种的8~9成熟果肉进行转录组测序,通过组装及数据库比对,获得大量番石榴转录本注释信息。【结果】组装获得了126979条Unigene,平均长度766 bp,N_(50)为1654 bp,N_(90)为267 bp;8个番石榴品种间共有27274个基因为共表达基因。通过主成分分析与差异基因表达聚类分析,发现品种水晶(SJ)和彩叶变(CYB)之间基因功能表达差异较小,品种紫红(ZH)与其他品种之间基因表达差异较大。聚类分析将品种水晶(SJ)和彩叶变(CYB)聚为一类,品种红心(HX)、彩虹(CH)、秀珍(XZ)、彩叶(CY)、紫星(ZX)归为一类,但品种紫红(ZH)与其他品种间距离较远。【结论】本研究结果为后续番石榴种质资源分类、功能基因表达、功能基因鉴定提供了大量可靠的转录组数据。