基于高通量测序的建兰转录组信息分析

摘要

为获得建兰转录组信息,以花发育3个时期为研究对象,进行转录组测序、组装、注释及差异基因分析。结果表明:共获得120.86 Gb clean reads,组装得到56804个Unigenes,平均长度为1502 bp,其中34324条Unigenes获得注释,占所有Unigene的60.43%。33908条Unigenes在NR数据库中得到注释,与石斛的匹配度最高;18459条Unigene被注释到GO数据库中的50个分支;在KEGG中共注释到13145条Unigene,11662条注释到129个KEGG通路中。差异基因聚类分析表明,7873个差异基因,其中3934个上调表达,3939个下调表达。差异基因的KEGG注释中,花香相关途径差异基因较多。利用MISA软件筛选得到19737个SSR位点,其中单核苷酸重复SSRs数量最多,有13291个,二核苷酸重复次之,有3374个。本研究为后期建兰基因功能验证及次生代谢解析提供基础数据。