红麻高通量转录组测序及转录组特性分析

摘要

红麻是仅次于棉花的自然纤维作物,从红麻的茎皮可提出用于高端棉麻混纺的韧皮部纤维.但目前尚不清楚红麻韧皮部纤维形成的遗传基础.采用IlluminaHiSeq2000高通量测序获得红麻茎皮转录组的65,631,343条短读序(6.56Gb),用生物信息学方法从头组装并注释了90,175个Unigene(单基因簇),平均长381bp.基于组装的Unigene,用BLASTX在NCBI非冗余(nr)数据库搜索到46,165个Unigene(51.19％)找到相似序列.对序列进行GO和KOG分类,分别有37319个(41.38％)和18892个(20.95％)nr数据库注释.将23,051个Unigene归入254个KEGG的参考代谢途径.研究发现,红麻茎皮表达的317个Unigene属于淀粉-蔗糖代谢途径,它们可能参与红麻韧皮部纤维的生长调节.识别淀粉-蔗糖代谢途径相关基因可为通过基因工程操纵提高纤维素的含量奠定基础.