HIV-1gag基因p24编码区的变异性分析

摘要

目的了解我国HIV感染者p24蛋白编码区的基因变异情况.方法收集我国河南及上海地区28份已经证实的HIV-1感染患者的血浆标本并抽提出RNA;采用逆转录和Nested-PCR的方法扩增所需的目的基因,使用DNA测序仪直接测序;应用CLUSTAL W、PHYLIP等软件包对序列进行比对及进化树分析.结果 28份gag样本中25份为B亚型,3份为A亚型.与共享序列相比,25例B亚型的p24编码区中发生核苷酸改变的位点比例为0.4%～4.8%,平均为1.4%,其中A→G占20.5%,G→A占17.3%;3例A亚型发生核苷酸改变的位点比例平均为0.24%.在所有变异位点中均未发现G→A的高度突变.B亚型和A亚型内的基因离散率平均为2.9%和0.58%,A亚型与B亚型之间的基因离散率平均为11.1%.25例B亚型根据基因序列所推测的p24蛋白发生氨基酸改变的比例为0.4%～5.2%,平均为2.2%.进化树分析表明在我国河南地区HIV感染B亚型多为与泰国株相近的B'亚型.结论 HIV-1p24编码区仍相对保守,选择无变异发生的区域有助于免疫治疗及疫苗研制等方面的研究.