APOBEC3家族蛋白的进化分析和3D结构比对分析

摘要

为探寻HIV-1的种间传播路线与范畴进而发现有效的控制物,选取灵长类天然抗病毒因子APOBEC3家族的22种蛋白(以A3G为主)与17例灵长类线粒体(mtDNA)全基因组序列做进化分析研究.结果一致显示除黑猩猩(Pan troglodytes troglodytes,以下简称Pan),大猩猩(Gorilla)以外,猩猩(Pongo)中的某些种也可能是HIV/SIV的贮主或宿主,值得从实践中有目的追溯.不同种属A3G蛋白活性位点与Zn2+结合位点的3D结构比较结果显示人与其他灵长类物种极为相似,预示着A3G蛋白在结构和功能上是非常保守的.人的APOBEC3蛋白有A^H 7种,对它们的活性位点和Zn2+结合位点进行3D比较,hA3B与hA3G的重合度最好,hA3B不会被HIV-1的Vif作用与降解,提示进一步探讨hA3B的结构与功能对于控制HIV-1的感染与传播很重要.