广西HIV-1毒株膜蛋白V3环氨基酸变异分析

摘要

目的了解广西HIV-1亚型膜蛋白V3环的氨基酸序列特征及变异特点。方法应用nest-PCR对46份来自广西主要流行区的HIV-1重组毒株env基因区进行扩增后,使用ABI310型测序仪测序,然后应用CLUSTAL、MEGA和dnatools等生物学软件对env基因区V3环及其临近区域的氨基酸序列进行分析。结果46份基因序列,43份为CRF01-AE(93.48%),3份为CRF08-BC(6.52%);V3环氨基酸序列分析显示,CRF01-AE毒株存在7种类型:GPGQ(74.4%)、GPGR(9.3%)、GPGK(4.7%)、GPGH(4.7%)、GPGA(2.3%)、GRGE(2.3%)和RPGE(2.3%),而CRF08-BC毒株V3顶端四肽为GPGQ;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示:60.47%的CRF01-AE重组毒株可能使用CCR5为辅助受体,39.53%不能对辅助受体的使用做出预测,CRF08-BC重组毒株100%可能使用CCR5。结论目前广西HIV-1的主要流行株是CRF01-AE;V3环序列高度变异,顶端四肽主要是GPGQ,可能为NSI型毒株。