广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株env基因V3环序列变异及其与生物表型的关系

摘要

目的研究广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株env基因V3环序列变异及其与生物表型间的关系。方法从广西主要流行区收集来的50份HIV-1感染者血液样本中提取前病毒DNA,使用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）扩增HIV-1 env基因片段并进行亚型鉴定,选择38份CRF01-AE重组型HIV-1毒株env基因V3环及邻近区域的序列进行系统树和氨基酸变异分析。结果38份CRF01- AE重组毒株中36份与分离于广西地区的CRF01-AE．97CNGX2f和泰国代表毒株THCM240接近,另外2份与中非共和国代表株90CF402聚成一簇;CRF01-AE重组毒株V3环顶端四肽存在着4种类型: GPGQ、GPGR、GPGH和GPGA;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示:71．05％的CRF01-AE重组毒株可能使用CCR5作为辅助受体,28．95％不能对其辅助受体的使用情况做出预测。结论广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株V3顶端四肽变异较大,而且大部分毒株可能为NSI型,这可为广西该毒株的防治和诊断试剂的更新提供参考。