胶质母细胞瘤驱动基因相关的竞争性内源RNA调控网络

摘要

目的探讨胶质母细胞瘤(GBM)驱动基因相关的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法从癌症基因组图谱(TCGA)中下载169例GBM及5例正常组织长链非编码RNA(lncRNA)表达数据,从UCSC Xena数据库下载509例GBM及10例正常脑组织微小RNA(miRNA)表达数据。对获取的lncRNA及miRNA表达数据进行差异表达分析。GBM的17个驱动基因是从文献(PMID:30096302)中获得。miRcode,TargetScan,miRTarBase和miRDB数据库预测lncRNA、miRNA和GBM驱动基因之间的相互作用。结果GBM组织TP53及PTEN突变率最高,达30%,且TP53错义突变最常见。筛选出差异表达lncRNA共2445个,表达上调1052个,下调1393个;差异表达miRNA共56个,表达上调28个,下调28个。共有5个GBM驱动基因、6个miRNA及297个lncRNA筛选出用于构建ceRNA网络,包括HOX转录反义RNA在内的8个lncRNA与GBM病人的生存相关。结论采用生信分析方法构建ceRNA网络有助于深化GBM发生、发展机制的认识。