不同组织嗜性传染性支气管炎病毒核衣壳基因的遗传变异性分析

摘要

根据GenBank发表的传染性支气管炎病毒 (infectiousbronchitisvirus,IBV)Beaudette毒株核衣壳 (nucleocap sid ,N)基因序列设计一对特异性引物 ,利用RT -PCR方法分别扩增了疫苗毒株IBV -H5 2、嗜腺胃ZJ971株、嗜肾IBV -X和N株的N基因ORF ,并克隆到质粒载体 pBluescriptSK( +) ,测序后用PCgene和DNAStar软件分析。结果显示 :4株IBV的N基因均含有一个长 12 30bp的ORF ,编码一由 40 9个氨基酸残基组成的N蛋白。嗜肾IBV -X和N毒株的N基因存在HindⅢ酶切位点。与来自GenBank的另外 8株IBV比较 ,ZJ971株与它们的N蛋白的核苷酸及氨基酸序列同源性分别在 88 2 %～ 98 6 %和 91 2 %～ 97 8% ;N株则分别为 86 6 %～ 87 4%和90 5 %～ 91 5 % ;X株分别为 86 3%～ 87 4%和 90 0 %～ 91 5 % ;H5 2分别为 90 4%～ 98 3 %和 92 0 %～98 0 %。ZJ971株、N和X株的N基因的突变特点是散在的点突变。嗜腺胃ZJ971株核衣壳蛋白的氨基酸序列的最显著的遗传变异特征是H111D、S117A、V14 2 L、P171A和E4 0 1D ;嗜肾IBV -X和N株核衣壳蛋白的氨基酸序列的最显著的遗传变异特征是A4 6S、A4 8P、L189R、N190 S、E2 2 0 D、I2 2 3A、V2 3 6Y、S2 37K、K2 4 0 Q、Q2 86R、T2 99K、R30 1E、E33 4 D、V33 5E、V336P和T351S。