高粱全基因组内含子标记的开发

摘要

通过分析已公布的658个随机挑选的SSR标记在12个高粱属材料中的多态性信息,发现基因中内含子标记较非内含子标记有更高的多态性,因此,本研究利用生物信息学方法进行了高粱全基因组内含子标记的开发。首先,对高粱29448条CDS序列进行内含子位点挖掘,找到115545个内含子位点。其次,在内含子两侧的序列上设计引物,经e-PCR在高粱基因组上筛选及定位,共获得82742个单拷贝内含子标记。其在染色体上数量变异范围为3794个(5号染色体)～15371个(1号染色体)之间,平均每条染色体上8237个。此外还构建了1个公共数据库(www.sicau.edu.cn/web/yms/sip/SIP.html),以便研究人员下载及使用。