癌胚抗原低亲和力表位改造中的分子对接

摘要

目的通过分子对接方法筛选表位改造后的高亲和力CTL表位。方法在图形工作站上,将癌胚抗原来源的低亲和力表位及其N末端第一位残基以酪氨酸替换后的突变体,分别与MHCⅠ类分子进行对接,对接所得最佳构象进行600ps分子动力学模拟修正。结果改造后的突变体与MHC分子间存在较强的氢键和疏水相互作用,组成肽结合槽口袋A的残基Tyr7、Tyr171和Tyr159与多肽N末端形成稳定的氢键作用网络,并且P1位酪氨酸上的苯环可与Trp167上的苯环发生ππ堆积作用。结论分子对接模型预测的肽MHC复合物作用模式,提示改造后的突变体与MHCⅠ类分子间具有更高的亲和力,与实验结果一致。