基于高通量测序技术分析3种羊肉混合基因组序列的短片段重复序列

摘要

为研究易混淆绵羊品种的种内多态性与遗传多样性,甄别滩羊、小尾寒羊和滩寒杂交羊,采用宏基因组学的方法,以混合羊肉样品(滩羊、小尾寒羊、滩寒杂交羊)为试验对象,通过高通量测序技术对混合样本全基因组进行测序。利用MISA查找拼接序列SSR位点,分析SSR序列特征并使用PRIMER3 Input(version 2.3.7)设计荧光标记引物,以多态性SSR分子标记分析滩羊、小尾寒羊、滩寒杂交羊群体遗传多样性。结果显示,SSR位点分布结果广泛,多态率为46%,平均PIC值为0.358,表明多态性水平处于中等水平。绵羊属3种羊肉以及混合羊肉样本分别聚为一类,呈单系性,STR峰图分型清晰,表明可实现3种绵羊的区分。成功建立了3种绵羊的SSR分子身份证。通过SSR序列多态性可对3种绵羊及其混合样本进行鉴定,为混合绵羊肉的基源鉴定提供新思路和技术指导,对绵羊全基因组工程研究,绵羊种属间的分子标记开发和种质资源鉴定保护具有一定参考价值。