传染性法氏囊病病毒浙江分离株(ZJ2000)基因组A节段全长cDNA的克隆和序列分析

摘要

以传染性法氏囊病病毒 (IBDV )浙江分离株 (ZJ2 0 0 0 )基因组 RNA为模板 ,采用 L ong- accurate RT- PCR(L A-PCR)一步法扩增并克隆了 IBDV ZJ2 0 0 0株基因组 A节段全长 c DNA。序列测定结果表明 ,克隆的 A节段全长共32 5 9个核苷酸 ,包括 5′、3′端的非编码区 (NCRs)和 2个部分重叠的开放阅读框 (ORF1和 ORF2 ) ,与参比的血清 型毒株核苷酸序列的同源性高达 95 .2 %～ 99.2 %。二级结构预测表明 ,在 5′- NCRs和 3′- NCRs存在 1个大型的茎环发夹结构。 ORF2编码 14 5个氨基酸的 VP5 ,与参比毒株的同源性高达 98.6 %～ 10 0 %。 ORF1编码 10 12个氨基酸的VP2 / VP4 / VP3,在氨基酸水平上 VP2、VP3、VP4与参比毒株的同源性分别达 94 .9%～ 98.8%、96 .1%～ 98.5 %、97.1%～ 99.2 %。ZJ2 0 0 0共有 14～ 38个氨基酸的替代 ,其中特有氨基酸 6个 ,变异大多数集中在 VP2高变区 ,突变率达 2 .9%～ 11%。第 2个小亲水区内 2 80位氨基酸由 S替代了 N、2 90位 M替代了 L。这 2个突变可能与 IBDV的抗原性有关。VP2 - VP4剪切位点附近 5 11和 5 4 0位氨基酸的变异可能使 ZJ2 0 0 0株的毒力增强。分子系统进化树分析表明 ,ZJ2 0 0 0与欧洲 Cu- 1株、P2株、CEF94株和中国 Harbin株的关系最近 ,而与欧洲、香港、?