基于MATLAB的低密度基因芯片图像处理

摘要

目的基于MATLAB设计低密度基因芯片图像处理系统,对经过Scan Array扫描系统获得的用cy3和cy5染色的低密度芯片的荧光图像进行处理和样点的网格定位,从中提取样点的荧光强度信息,结合样点的生物学信息,进行定量分析,研究基因表达的规律与功能之间可能存在的联系。方法结合不同的滤波算子,经腐蚀、膨胀等数学形态学运算,可在滤除噪声的同时,校正荧光图像中的缓慢背景变化,提高图像质量。根据芯片阵列的行与列的数目,通过人机交互的半自动网格定位,确定样点区域,进行样点识别。研究了基于边缘检测的图像分割方法,可以有效地分离有价值的弱信号点和背景点或者噪声,进行目标区域识别,提取背景信号。采用中值法计算样点的荧光强度,并确定样点信号。采用完全归一方法进行归一化处理,减少不同图像的荧光强度差异。结果利用该系统对基因芯片图像进行处理,减少了污点、噪声及其他各种因素的影响,提高了图像的质量;确定了样点区域,提取了背景信号和样点信号;对提取的特征数据进行了归一化处理。结论笔者主要研究如何对低密度基因芯片图像进行处理,结果显示,该系统可以基本实现低密度基因芯片图像处理功能,所采用的图像分析方法是可行的,能为以后的生物学分析...