猪脂肪组织表达序列标签 (ESTs)大规模测序及分析

摘要

利用大规模DNA序列测定的方法 ,对猪脂肪组织进行了表达序列标签 (ExpressedSequenceTag ,EST)序列测定 ,获得高质量EST共 7790个 ,并对此进行了初步分析。使用STACK_PACK软件进行聚类分析 ,得到 4 35 4个基因聚类 ,包括 36 0 9个单拷贝基因和 74 5个多拷贝基因 ;将候选基因序列用BlastN与nr库进行比较 (e =1e 10 ) ,从 4 35 4个候选基因中得到 2 712个已知基因 ,其中单基因为 1987个 ,多拷贝基因为 72 5 (36 94克隆 )个 ;未知功能基因和新EST有 2 10 9个克隆。根据BlastN结果 ,利用基因组文库添加序号 (GenBankAccessionNo .)为索引 ,构建了猪脂肪组织已知功能基因表达谱。从基因表达谱可以看出 ,在猪脂肪组织中参与代谢的基因所占比例最高 ,在某些方面也显示了脂肪组织旺盛的代谢活性。同时发现在猪脂肪组织中主组织相容性抗原 (MajorHistocompatibilityComplex ,MHC)或与MHC相关的基因表达丰度很高。其中单拷贝基因 181个 ,多拷贝基因 4 4个 ,共计 2 5 7个克隆 ,占细胞机体防御 (cellandorganismdefense)总数的 4 4 9%。占总已知基因数的 5 4 %。提取出全部与MHC相关的EST序列 (2 5 7个克隆 ) ,发现所有EST的部分序列 (长约 2 0 0个碱基 ) ,几乎分布在每一个已知猪BAC的所有编码序列上。据此推测 ,