多头菊头状花序转录组SSR特点分析

摘要

为开发更多的菊科菊属特异性的SSR分子标记，了解多头菊的SSR位点的分布特点，本研究对多头菊多个花色突变体的头状花序的转录组进行了SSR分析。结果表明，分析测序共获得143 744个Unigene，总长度为128 169 452 bp （128.16 Mb），通过分析检索在23 099条Unigenes上存在28 413个SSR位点，计算发生频率为19.77%，分布频率为18.11%，在数据信息中平均分布距离为4.51 kb。在不同核苷酸重复类型中，单到三核苷酸SSR为多头菊优势位点，约占SSR总数量的90.19%。单核苷酸SSR主要以A/T类型为主，出现18 857次，占总SSR数的66.37%。二、三核苷酸SSR出现次数最多的分别是AC/GT （1 617次, 5.69%）和AAC/GTT （1 111次, 3.91%），四、五、六核苷酸SSR数目较少，仅占总SSR的0.48%。多头菊SSR的长度主要分布在10～24 bp，占SSR总数的89.65%。共1 272 838个SNP位点被筛选，测序信息中的发生频率为0.24%，主要类型以同类碱基转换形式（腺嘌呤A/鸟嘌呤T,胞嘧啶C/胸腺嘧啶G）存在，占所有类型的59.35%，碱基颠换类型共4种（A/T, A/C, T/G, C/G）。利用软件共设计SSR引物8 920对引物，有33.78%的Unigenes （含SSR位点）能够获得SSR特异引物。本研究针对性地分析了多头菊头状花序的转录组中SSR的分布特点，了解多头菊的头状花序在发育期的分子特性，为多头菊种质资源的遗传分子机理研究提供了基础，同时为筛选和开发利用多头菊的优良分子信息提供了科学依据。