基于高通量测序的金莲花转录组分析及黄酮合成相关基因的挖掘

摘要

为了获得金莲花基因数据，本研究利用Illumina Novaseq 6000高通量测序平台对金莲花叶片进行转录组测序，经de novo组装后共获得了36 101条Unigenes，平均长度为1 280 bp,N50为1 789 bp。进一步利用7个公共数据库（Nr, Nt, Pfam, KOG, Swiss-prot, KEGG, GO）进行比对，分别注释到了21 354、13 806、16 161、5 435、16 437、36 101及16 160条Unigenes。注释结果显示，金莲花与洛矶山耧斗菜的同源序列最多；在GO和KOG数据库中，可将其分为3大类42小类和3大类25小类；在KEGG数据库中，36 101条Unigenes参与了34类代谢途径，并挖掘出与黄酮合成相关结构基因。对编码序列和微卫星进行检测分析，共发现了16 535条CDS和10 761个SSR位点。本研究通过转录组测序，获得了大量的基因序列，为进一步挖掘功能基因、开发分子生物学标记和金莲花黄酮类化合物合成途径研究等提供了一定的科学依据。