基于三角梅转录组测序的SSR分子标记的开发

摘要

为了明确三角梅转录组SSR总体特征、开发出适用于分子育种的SSR引物,本研究对三角梅‘小叶紫’叶、苞片、花等组织进行了转录组测序,采用MISA分析‘小叶紫’转录组SSR位点信息,利用Primer 3设计引物,并选择50对引物对6个不同种或杂交种三角梅进行可转移性与多样性分析。结果表明:在‘小叶紫’转录组中,共检测出79 210个SSR位点,分布于60 318条Unigene中,出现频率为44.91%。优势重复基序为单核苷酸、双核苷酸,分别占总SSR位点的76.37%和13.26%。A/T和AG/CT分别是单核苷酸、双核苷酸的优势重复基元,占总SSR重复类型的71.66%和6.77%。挑选的50对引物中,有42对引物可以扩增到清晰稳定的目标条带,有效扩增率为84.00%,不同品种间的平均可转移率为85.86%;其中33对引物具有多态性,平均He和PIC分别为0.554 8和0.460 3。以上结果表明,基于三角梅转录组序列的SSR标记开发是可行有效的,开发的引物将有助于开展种质资源评价和遗传多样性分析。