广西一株HIV-1 CRF01_AE/CRF07_BC独特重组毒株的鉴定

摘要

目的对一条不能明确亚型的HIV-1近似全长基因组序列进行分析,确定毒株的重组特征及可能来源。方法利用近末端稀释法分两段进行HIV-1近似全长基因组的扩增,获取序列后使用SimPlot软件分析近似全长基因组序列的重组模式及断点,采用分片段构建ML进化树的方法确认重组断点准确性,绘制重组病毒的基因镶嵌模式图。对各基因片段与相应亚型的全部近似全长基因组序列构建ML进化树,推测其亲本毒株可能来源。结果扩增及测序后,获得一条长度为8943 bp(HXB2:649~9599)的HIV-1近似全长基因组序列。断点分析表明,该序列的重组模式是以CRF01AE为骨架插入CRF07BC片段,其中片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ来自CRF01AE毒株,片段Ⅱ和Ⅳ来自CRF07BC毒株,4个重组断点相对应于HXB2的位置分别为3957、4224、5560和5899。亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ成簇的CRF01AE序列主要来自东南亚国家如泰国、老挝、越南。片段Ⅱ和Ⅳ则与我国西南地区吸毒人群中的CRF07BC序列聚集。结论获得一株由CRF01AE和CRF07BC重组形成的HIV-1独特重组毒株,其亲本病毒中的CRF01AE可能与东南亚国家的毒株同源,而CRF07BC可能来自我国西南地区的吸毒人群。