新疆地区HIV-1感染者CRF07_BC流行毒株gag基因遗传特性

摘要

目的：分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单一亚型CRF07_BC毒株的gag基因遗传特性. 方法：对56例CRF07_BC亚型的HIV-1病毒感染者分别于2011年9月(TI时间点),2012年5月(T2时间点),2013年2月(T3时间点),2013年10月(T4时间点)四个时间点采集标本,抽提标本RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,最终将35例标本的序列(获得2次及2次以上的序列)进入基因离散率和进化树分析,并使用BEAST(Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees)软件估算该地区CRF07_BC流行毒株的最近共同祖先株形成时间和平均进化速率. 结果：35例毒株在T1时间点、T2时间点、T3时间点、T4时间点的组内基因离散率分别为0.043±0.003、0.047±0.004、0.048士0.004、0.054±0.004;进化树分析显示同一样本的几次序列在进化上聚集成一簇,大部分毒株均呈现出在T4时间点上独立分歧出一支;其最近共同祖先株形成时间tMRCA为10.9年(95％HPD2,22.24),平均进化速率为1.34×10-3(95％HPD5.16×10-4,2.23×10-3)替换/位点/年. 结论：新疆地区HIV-1感染者CRF07_BC亚型毒株会随着在一个地区流行时间的延长,而加大该地区同一亚型内的离散率;CRF07_BC单一亚型内病毒株的gag基因进化速率相对文献报道的略慢,根据HIV-1的进化速率与其传播率呈负相关关系,提示CRF07_BC亚型gag基因略低速的进化速率与新疆地区流行单一亚型CRF07BC毒株有重要的关系.