一株新的HIV-1CRF01_AE/CRF07_BC独特重组型毒株的鉴定

摘要

HIV-1最重要的特征之一是其具有高度的遗传多样性，基因重组在其中扮演了十分重要的角色。全球范围内HIV-1流行重组型和独特重组型越来越多，并在HIV的流行中发挥着越来越重要的作用。
　　 本研究选择了一份来自于吉林省同性恋HIV感染者的血浆样本，采用近末端稀释的方法对该样本进行近全长基因组(Near full-length genome，NFLG)扩增，电泳鉴定结果表明成功扩增出9.1kb的近全长基因组片段。获得的阳性PCR产物经胶纯化后直接进行序列测定，获得的序列数据经拼接和清理后，采用MEGA5.05软件进行系统进化树分析，SimPlot3.5.1软件进行重组断点分析，BioEdit7.0.9.0软件进行序列比对分析。
　　 重组断点分析结果显示，该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组形成，主要骨架为CRF01 AE，序列中包括4个重组断点，相对于HXB2分别位于4431bp，4739bp，5501bp和5825bp，2个CRF07 BC片段存在于pol基因和vif-vpr基因区段，长度分别为340bp和323bp。
　　 系统进化树分析结果显示，该病毒中的3个CRF01_AE片段均与来源于我国北方主要在MSM人群中流行的CRF01_AE毒株聚集在一起，其Bootstrap值为100％，这一结果提示CRF01_AE的亲本可能来源于MSM人群，在MSM人群中可能比较容易发生基因重组。该病毒中的2个非CRF01_AE片段与CRF07_BC参考毒株集聚在一起，Bootstrap值分别为77％和99％。序列比对结果显示，2个片段的核苷酸序列均与CRF07_BC参考株一致，这表明2个片段均来源于CRF07_BC毒株。
　　 本研究获得的HIV-1新的重组模式病毒主要骨架为CRF01_AE，常规的利用gag和env基因鉴定HIV亚型的方法无法准确定义，这表明我国HIV的流行可能比预期复杂，HIV分子流行病学研究中对于亚型的鉴定将面临新的挑战。

目录

文摘

英文文摘

符号说明

第一章 前言

第一节 HIV的发现与流行

第二节 HIV的基因组结构

第三节 HIV的遗传变异

1.3.1 HIV-1变异

1.3.2 HIV亚型及地区分布

第四节 研究目的和意义

第二章 材料和方法

第一节 实验材料

2.1.1 研究对象

2.1.2 主要试剂

2.1.3 主要仪器

2.1.4 主要软件

第二节 实验方法

2.2.1 病毒RNA基因组提取

2.2.2 cDNA合成

2.2.3 扩增引物

2.2.4 FlaIlking PCR扩增

2.2.5 cDNA稀释

2.2.6 NFLG PCR扩增

2.2.7 产物鉴定

第三章 结果和分析

第一节 近全长基因组扩增

3.1.1 Flanking PCR扩增

3.1.2 近全长基因组扩增结果

第二节 近全长基因组序列的初步分析

3.2.1 RIP工具分析结果

3.2.2 SimPlot工具分析结果

3.2.3 BootScan工具分析结果

3.2.4 不同片段系统进化树分析结果

3.2.5 CRF01_AE片段来源分析

第三节 近全长基因组序列重组鉴定

3.3.1 CRF01_AE来源分析

3.3.2 重组断点分析

3.3.35个片段系统进化树分析结果

3.3.4 潜在的CRF07_BC片段序列分析

3.3.5 重组图谱分析

第四章 讨论

第五章 结论

参考文献

致谢

在学期间发表的学术论文及研究成果

个人简历