半枫荷ISSR-PCR体系优化及引物筛选

摘要

半枫荷(Semiliquidambar cathayensis Chang)是中国特有濒危保护植物。为了利用ISSR分子标记对其开展遗传多样性研究,本研究针对Mg^(2+)浓度、引物浓度、d NTPs浓度、DNA模板量、Taq DNA聚合酶总量这5个因素,通过单因素试验结合L_(16)(4^(5))正交试验对半枫荷ISSR-PCR反应体系进行优化。得到20μL最优体系为:Mg^(2+)2.5 mmol/L、引物0.3μmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、模板DNA 40 ng、Taq DNA聚合酶2 U、2μL 10×PCR Buffer。利用该体系筛选出7条扩增产物稳定、多态性好的引物(UBC811,UBC815,UBC817,UBC826,UBC827,UBC848,UBC849)作为ISSR-PCR扩增引物。在此基础上,对4份半枫荷材料进行扩增验证,共扩增出63个条带,其中多态性条带58个,多态性百分率为92.06%,平均Nei’s基因多样性指数为0.384 9,Shannon’s信息多样性指数为0.559 2,结果表明优化体系稳定性强,扩增效果较好,可用于半枫荷遗传多样性研究。