基于茄子基因组重测序的InDel标记开发及应用

摘要

茄子是我国重要的蔬菜作物,然而相比于其他茄果类蔬菜,分子标记在茄子中的应用较少。本研究基于2份在果实与抗性上存在显著差异的茄子的全基因重测序数据,鉴定出151327个InDel位点,随机选择并设计了180个InDel标记,利用重测序材料及其杂交一代进行有效性鉴定,结果显示:180个InDel标记均可获得PCR扩增产物,其中62个标记具有多态性,多态率为34.7%。基于62个InDel标记聚类分析结果揭示出24份紫红长茄自交系的遗传多样性,其中46个标记表现出多态性,每个标记的Nei′s基因多样性指数在0.0799~0.4991之间,Shannon′s多样性指数分布在0.1732~0.6923之间。基于24个InDel标记聚类分析结果揭示出143份茄子品种的遗传多样性,在遗传相似系数0.65处,143份茄子品种大体可以分为Ⅰ~Ⅶ七大类群。基于2对InDel标记的茄子品种纯度鉴定结果与田间鉴定结果相吻合。