高良姜转录组的特征分析

摘要

目的探究广东道地药材高良姜的转录组特征,为其资源可持续性研究奠定基础。方法以道地产区高良姜叶片、茎和根茎为研究材料,采用高通量测序(RNA-seq)技术进行转录组测序,并利用Trinity软件组装出非重复序列基因(unigene)。将获得的unigenes映射至Nr、KOG、Swissprot、GO、KEGG等蛋白质数据库进行功能基因注释、代谢通路分析。结果从高良姜不同组织中共获得147 652条unigenes,平均长度为895 bp,平均GC含量为42.61%。共有78 537条unigenes获得功能注释,占总unigene数的53.19%,其中在Nr、KOG、Swissprot和KEGG数据库中获得注释的unigenes数量分别为70 057、50 139、58 718和27 109条。在KEGG获得注释的unigenes被归属至129条代谢途径,其中涉及次生代谢产物生物合成的途径有34条。结论该研究在无基因组参考的情况下,探讨了高良姜转录组特征,为基于功能基因调控的高良姜药效成分的生物合成、品种优育等后续研究提供了丰富的基因数据。