膀胱癌circRNAs介导的ceRNA网络及预后评估模型的构建

摘要

目的探究膀胱癌中差异性表达的环状RNAs(circRNAs),并构建circRNAs介导的ceRNA网络及预后评估模型。方法下载并分析基因表达数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)中膀胱癌RNA测序数据,以|log2 fold change(log2FC)|>1、P-value<0.05为纳入标准,筛选RNA差异表达谱。整合TCGA膀胱癌RNA差异分析数据及CircInteractome等公共数据库数据,构建circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,通过GEO与TCGA对网络中mRNAs进行功能富集分析。利用String数据库挖掘ceRNA网络分子的相互作用关系。采用Cox回归分析筛选预后相关mRNAs,并构建膀胱癌预后风险评估模型;利用“time ROC”软件包绘制ROC曲线,对模型效能进行评估。结果通过2个GEO数据集的差异分析,共筛选到4个circRNAs,分别是hsa_circ_0102787、hsa_circ_0103114、hsa_circ_0102402与hsa_circ_0104387。通过公共数据库及TCGA差异分析,构建了由circRNAs介导的ceRNA网络,包含4个circRNAs、23个miRNAs和86个mRNAs;功能富集分析显示该网络mRNAs涉及多个与肿瘤调控相关的生物学过程;网络中mRNAs存在相互作用关系,生存分析显示6个mRNAs与膀胱癌预后相关。以“风险评分=(-0.3569)×ABRACL+(-0.2644)×MAP3K8”构建膀胱癌预后风险评估模型,Kaplan-Meier曲线提示高评分组预后差(P<0.001),模型5年总体生存率的AUC=0.744。结论发掘4个膀胱癌中表达失调的circRNAs,构建了膀胱癌相关circRNA-miRNA-mRNA网络及预后评估模型,为揭示膀胱癌发生发展的分子机制及寻找新的诊断、预后标志物奠定了理论基础。