以RNA依赖的RNA聚合酶为靶点的抗新型冠状病毒抑制剂筛选

摘要

目的从理论上筛选出新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)抑制剂。方法依据SARS-CoV-2的RNA聚合酶与SARS聚合酶结构(6NUR)具有高度的同源性,以SARS的RNA聚合酶为模板构建SARS-CoV-2的RNA聚合酶的三维结构,利用分子对接软件Autodock Vina研究选中15个化合物与模型靶酶的相互作用,评估化合物对SARS-CoV-2的RNA聚合酶的抑制活性。结果研究发现,所选化合物均与靶酶的活性位点有一定相互作用,其中瑞德西韦活性形式、法匹拉韦活性形式、黄酮及异黄酮类化合物与靶酶的相互作用较强,以瑞德西韦活性形式与靶酶的结合能最低(为-7.9kal/mol),化合物1、2、8、13、14与酶的结合作用相对弱,提示对靶酶的抑制活性弱于瑞德西韦等,而化合物15没有酶抑制活性。结论通过虚拟筛选,得到了SARS-CoV-2 RNA聚合酶的一些抑制剂,其中的某些中药"活性成分"与目前临床上应用方剂的疗效具有较大的相关性,与清肺排毒汤等中医药治疗方案相互佐证。本研究为开发实施有效的抗新型冠状病毒治疗方案提供一定的理论参考,具体作用机制可进行进一步深入的研究验证。