甲型H1N1流感病毒流行株基因组进化分析

摘要

2009年4月,北美地区出现甲型H1N1流感疫情,并且疫情快速扩散至欧亚非三大洲,风险等级上升至5级.截止至5月13日,甲型H1N1流感病毒已扩散至33个国家和地区,实验室确认病例5728例,死亡61人.从NCBI的IRV和GISAID的EpiFluDB数据库下载甲型H1N1流感病毒序列425条,进行序列比对与进化分析.分析结果显示:(ⅰ)当前流行的甲型H1N1流感病毒是一个三重排A型流感病毒:HA,NA,MP,NP和NS来源于猪流感病毒;PB2和PA来源于禽流感病毒;PB1来源于人流感病毒.(ⅱ)猪流感病毒的来源可细分为:HA,NP和NS来源于H1N1亚型经典猪流感毒株;NA和MP来源于H1N1亚型禽源猪流感毒株.(ⅲ)甲型H1N1流感病毒在流行扩散过程中没有显著变异,同时病毒基因组没有发生重排.本文除了分析美国代表毒株A/California/04/2009(H1N1)外,还以墨西哥代表毒株A/Mexico/4486/2009(H1N1)为主进行了同源性和进化分析,地理范围相对较大,分析结果更具科学性.