冬瓜SSR-PCR体系优化及引物筛选

摘要

本研究利用L16（54）正交试验设计研究了影响冬瓜SSR-PCR的五个因子（10＆#215;Buffer （含Mg2＋）, dNTP, DNA,引物, rTaq ），研究结果表明Buffer （含Mg2＋）和rTaq对PCR影响最明显，最终筛选出最佳反应体系：10×Buffer 2.0μL （1×Buffer），dNTP 2.0μL （200μmol/μL），DNA 0.6μL （6 ng/μL），引物0.4μL （0.2μmol/L）。体系体积为20μL，循环数为35。引物筛选程序为：94℃预变性3 min，94℃变性45 s，58℃~68℃复性30 s，5个循环，每个循环退火温度降2℃，72℃延伸1 min，94℃变性30 s，50℃~58℃复性1 min，8个循环，每个循环退火温度降低1℃，72℃延伸1 min，94℃变性30 s，50℃复性30 s，72℃延伸1 min，共30个循环，72℃延伸7 min。本研究建立了适合冬瓜的SSR反应体系和引物多态性筛选程序。