拟态弧菌溶血素基因的克隆测序与生物信息学分析

摘要

目的对拟态弧菌安徽分离株HX4（V.mimicus HX4株）的全长溶血素基因（vmh）进行克隆测序和生物信息学分析，为表达溶血素蛋白（VMH）奠定基础。方法采用PCR法扩增V.mimicus HX4菌株全长vmh基因，将其克隆至pMD18-T vector并进行测序，应用生物信息学软件分析vmh基因的同源性及其编码蛋白的分子特征。结果V.mimicus HX4菌株vmh基因全长序列2235bp，编码由744个氨基酸组成的分子量约为82．85kDa的VMH蛋白。V.mimicus HX4菌株vmh基因的核苷酸序列和氨基酸序列与参考株相应序列的同源性分别介于98．9％-99．1％和96．6％～97．3％。VMH蛋白N端前25个氨基酸组成信号肽，7～27位氨基酸之间存在一个跨膜区域，蛋白二级结构中无规卷曲含量最高，达39．52％，其次为α-螺旋和β-折叠，分别占25．81％和26．75％，p转角含量最低，仅占7．93％。VMH蛋白含有多个T细胞和B细胞抗原表位，同时存在T、B细胞抗原表位的区域最有可能位于肽链第86—95、193～211、419—440和459～501位区段。结论拟态弧菌VMH蛋白是一种高度保守的毒素蛋白，对HX4菌株vmh基因及其编码蛋白信息特征的了解，有助于进一步表达VMH蛋白。