森林草莓FvLysM基因家族的生物信息学分析

摘要

LysM结构域包含蛋白(LysM domain containing protein)是一类重要的病原菌信号受体蛋白。为了更好地了解森林草莓FvLysM基因家族的成员及其特征,本研究以先获得拟南芥Lys M的保守序列作为参考,通过TBtools软件比对得到森林草莓FvLysM基因家族成员并进行命名;数据库分析家族成员的染色体定位、基因结构;分析得到FvLysM蛋白的理化性质、亚细胞定位;比较FvLysM基因在发育阶段不同时期不同组织的表达量并利用R软件对其表达模式进行可视化;通过植物顺式调控数据库分析FvLysM基因启动子元件。通过鉴定共获得15个森林草莓FvLysM基因,其不均匀地分布在4条染色体上,基因结构和功能结构域较为保守;编码268~682个氨基酸,其分子量介于29311.84~74828.69 kD之间,等电点介于5.11~9.26;绝大多数位于细胞膜上;进化上与苹果的亲缘关系最近。森林草莓FvLysM基因具有组织特异性表达特点:FvLysM5和FvLysM12在整个植株发育时期表达量较高,FvLysM5和FvLysM8可能参与有性生殖;通过启动子分析表明其具有较多与免疫反应和花粉发育相关的顺式作用元件。本研究从全基因组水平确定森林草莓FvLysM基因家族成员并通过数据库分析FvLysM基因家族成员的染色体位置、基因结构、理化性质、进化特征、表达谱以及启动子元件,为进一步研究FvLysM基因在森林草莓病害中的作用及参与生长发育提供了理论依据。