中国部分地方鸡种MHC B-G基因第二外显子的遗传多态性

摘要

根据鸡主要组织相容性复合体B-G基因序列设计特异性引物,在9个中国地方鸡种和1个国外引进鸡种基因组中扩增了包括其第一内含子和第二外显子在内、长度为401 bp的DNA片段.经PCR-SSCP分型筛选后,对该片段的核苷酸序列进行克隆测序和直接PCR测序及比对分析,发现了31个MHC B-G新等位基因;各等位基因主型所含有的亚型数及其在不同品种间的分布极不均衡.第二外显子核苷酸序列和其所编码的MHC BG抗原类Ig-V结构域氨基酸序列比较表明,在中国地方鸡种B-G基因第二外显子的207 bp序列中有37个多态性变异位点,其中简约性信息位点29个,单个位点的变异8个;等位基因间的遗传变异范围0.0013-0.1433;各变异位点的核苷酸变异指数0.206-1.462.该编码区核苷酸的异义替换率为9.26%±1.92%,高于同义替换率2.34%±0.90%.所估计的核苷酸转换数和颠换数随着遗传距离的增加而逐渐增加,当核苷酸转换数和颠换数达到平衡后,该片段核苷酸转换数的增加幅度逐渐高于颠换数.在其所编码的类Ig-V结构域氨基酸序列中,多态变异位点有22个,其中简约性信息位点6个,单变异位点16个;所估测的等电点为8.45,疏水性氨基酸占40.3%,亲水性氨基酸占29.9%;该序列具有明显的疏水性特点.等位基因间的系统发生分析表明,31个B-G等位基因分为两个群,相同主型的等位基因首先聚类.本研究为鸡B-G基因的免疫功能和遗传进化研究提供了分子依据[动物学报52(1):160-169,2006].