基于测序基因分型技术的3种石斛兰遗传关系分析

摘要

目的:本研究分析比较霍山石斛、细茎石斛和铁皮石斛的遗传关系.方法:以黄石斛为参考基因组,用测序基因分型技术获得单链核苷酸多态性,根据单链核苷酸多态性差异,分别用Admixture软件分析3种石斛的居群遗传结构,用TreeBeST软件构建邻接树,用GCTA软件做主成分分析,用GenAlEx软件计算遗传距离.结果:3种石斛平均每个样本产生的干净片段(clean reads)和单链核苷酸数目都是霍山石斛＞细茎石斛＞铁皮石斛;邻接树结果表明铁皮石斛样本聚为一支,霍山石斛样本和细茎石斛样本聚为另一支,且该支的霍山石斛样本与细茎石斛样本又被严格分开为2小支;遗传结构和主成分分析结果与邻接树类似;霍山石斛与细茎石斛间的遗传距离小于霍山石斛与铁皮石斛间的遗传距离.结论:根据3种石斛的核苷酸多态性差异,3种石斛能被明显分开;霍山石斛与细茎石斛间的遗传关系近于霍山石斛与铁皮石斛间的遗传关系.