生物信息学分析肝癌干细胞中致瘤基因表达的差异

摘要

背景：研究认为,肝癌干细胞中致瘤基因表达与肝癌的发生、发展具有一定的关系,但目前尚缺乏对生物信息学和机制的研究。目的：对于肝癌干细胞相关的致瘤性差异基因进行筛选,并对其进行生物信息学分析。方法：将人肝癌细胞株Hep G2作为肝癌干细胞的细胞工具制备总RNA并进行荧光标记,使用基因芯片进行杂交试验,将获得的mR NA表达谱进行筛选后获得差异性m RNAs,利用生物信息学进行GO注释和Pathway注释分析。结果与结论：芯片杂交实验的检出率为73.21%,说明杂交试验是成功的;实验共有38 342个m RNA被发现,进一步分析后,筛选差异性表达基因1 236个（P〈0.05,fold change≥2）,其中上调和下调表达基因的数量分别为599和637个（P〈0.05）;表达差异基因的生物学功能主要涉及到了组蛋白的H4乙酰化,细胞的有丝分裂以及增殖、细胞相关蛋白质的合成以及分解、染色体的分离、细胞的分化以及凋亡、信号的转导、营养物质的运输、转录;Pathway注释主要涉及细胞因子介导的炎症信号通路、Wnt信号通路、Hedgehog通路以及Notch通路、TGF-Beta和Jak-STAT等。结果证实,肝癌干细胞中的差异表达基因与肝癌的发生有关,也可能参与信号通路的调控,这可为肝癌的治疗提供一种新靶点。