2008—2009年北京分离的肠道病毒71型基因组3′末端序列分析

摘要

目的了解2008-2009年北京分离的肠道病毒71型（EV71）基因组3′末端的基因特征（未包括多聚腺苷尾）,探讨是否与病毒的致病性有关。方法于2008-2009年手足口病流行期间采集来首都儿科研究所附属儿童医院就诊的普通手足口病患儿和合并重症神经系统并发症患儿的咽/鼻拭子或疱疹液标本。将标本接种Vero细胞进行肠道病毒分离,同时设计肠道病毒通用引物、EV71和柯萨奇病毒A组16型（CA16）特异性引物通过巢式RT-PCR对分离到的肠道病毒进行型别鉴定。对引起不同临床类型感染的10株EV71分离株的基因组3′末端进行序列测定和分析。结果 10株EV71的3′末端均包含1386 nt的3D、终止密码子TGA和81 nt的3′UTR,由3D核苷酸序列所推导的3D蛋白含462个氨基酸。10株EV71的3D和3′UTR核苷酸同源性分别为95.8%～99.6%和96.3%～100%,重症来源的4株毒株中有3株在3Dpol第140位和第263位同时出现了相同的氨基酸变异（R140K和I263V）。10株EV71的3D与C4亚型代表株具有最高的核苷酸和氨基酸同源性,分别为92.7%～94.2%和96.8%～97.6%;在3′UTR与CA16/G10具有最高的核苷酸同源性（88.9%～91.4%）。3D区的遗传进化分析表明10株EV71在亲缘关系上与C4亚型最密切,与CA16/G10较密切,而与EV71其他基因型和亚型较疏远。结论基因组3′末端在EV71进化中可能有一定的作用。