胃癌基因表达谱的cDNA微阵列与聚类分析

摘要

目的分析胃癌与非肿瘤胃组织中基因表达特征,探讨其生物学意义.方法提取18例进展期胃癌患者术前未行治疗的新鲜肿瘤和非肿瘤胃组织总RNA,逆转录标记cy5和cy3制备cDNA探针,与148个基因组成的cDNA微阵列杂交,应用平均联接等级聚类和微阵列数据显著差异分析(significance analysis of microarrays,SAM)方法分析146个符合入选条件基因的实验数据.结果胃癌与非肿瘤胃组织各被聚为一类,胃癌和非肿瘤胃组织又分别聚为两个亚类.基因在两种组织表达有3个特征,明显基因表达差异表现在特征B和特征C.特征B基因在胃癌组织呈低表达或不表达,特征C基因在胃癌组织呈高表达.在特征A,T2-S2亚类与T1和T2-S1亚类的基因表达存在差异性,然而13例患者的配对胃癌与非肿瘤胃组织有相似基因表达.结合SAM分析,从特征B和特征C分别检出19个和12个在两种组织间呈差异性表达基因.结论cDNA微阵列实验结果客观地反映了胃癌和非肿瘤胃组织的基因表达特征,可以将胃癌与非肿瘤胃组织各聚为一类.胃癌组织之间基因表达既有相似性,又有异质性,反映了胃癌基因表达变异的复杂性.应用cDNA微阵列技术研究胃癌基因差异性表达特征,有助于阐明胃癌发生、发展的分子基础,为胃癌早期诊断和预后评估的生物标记物研究提供科学依据.