基于丙型肝炎病毒NS5B基因序列分析的基因分型

摘要

目的:建立基于丙型肝炎病毒(HCV)NS5B基因序列分析的基因分型方法,对上海地区慢性丙型肝炎进行基因分型.方法:用HCV RNA实时荧光定量检测试剂盒对慢性丙型肝炎患者血清标本的HCV RNA水平进行定量分析.用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和套式-PCR扩增HCV RNA阳性的41份标本的部分HCV NS5B区基因,PCR产物经回收、纯化后直接进行测序分析.从GenBank中下载25份不同基因型的HCV原型序列,用NS5B区222 bp的基因片段构建系统进化树,对临床标本相应的HCV NS5B区序列进行分析.结果:基于HCV NS5B基因序列的系统进化树分析,可成功地对本组41份标本进行基因分型.分型结果显示,1b型占85.4%(35/41),2a型占12.20%(5/41),3a型占2.44%(1/41).结论:基于HCV NS5B区基因序列的系统进化树分析是一种可靠和方便的HCV基因分型方法.上海地区的HCV基因型以1b型为主.